O padrão de organização de qualquer sistema - vivo ou não vivo - "é a configuração de relações entre os componentes do sistema que determinam as características essenciais desse sistema"; ou seja, "certas relações devem estar presentes para que algo seja reconhecido". Padrão de organização compreende, assim, a "configuração de relações que confere a um sistema suas características essenciais". Como incorporação física do padrão de organização, tem-se a estrutura, constituída pelas configurações, as quais determinam um padrão. Capra ilustra a diferença entre padrão e estrutura com um sistema não vivo: a bicilceta. O que define uma bicicleta como tal é o seu padrão de organização, constituído pela incorporação física e pelas relações dos componentes que a materializam, as quais podem ser diferentes dependendo do estilo da bicicleta. Em outras palavras, o padrão constitui o conceito (abstrato, atemporal, eternizado), e a estrutura constitui a substância (concreto, perene, temporal). (p.133)
