E o que distingue o ser vivo é sua organização autopoiética. “Os seres vivos diferentes se distinguem porque têm estruturas distintas, mas são iguais em organização.” Os autores também o consideram como unidades autônomas.
Maturana e Varela (2007, p. 55, 56) utilizam a expressão autonomia em seu sentido corrente. “Um sistema é autônomo se é capaz de especificar sua própria sua própria legalidade”, ou seja, “aquilo que lhe é próprio.”
Os autores não afirmam nem cogitam a possibilidade de que os seres vivos sejam os únicos entes autônomos. Todavia, é destacado pelos mesmos “[...] que uma das propriedades mais imediatas do ser vivo é sua autonomia.” Maturana e Varela asseguram que o mecanismo que faz dos seres vivos sistemas autônomos é a autopoiese.
Os autores ao questionarem sobre como é possível compreender a autonomia do ser vivo, respondem que para compreender tal autonomia faz-se necessário entender a organização que o define como unidade. Perceber os seres vivos como unidades autônomas permite mostrar como sua autonomia se torna explícita ao indicar que aquilo que os define como unidades é a sua organização autopoiética, “[...] e que é nela que eles, ao mesmo tempo, realizam e especificam a si próprios. (MATURANA e VARELA, 2007, p. 56).